Unter Ubuntu fragt Eclipse beim Starten nicht, welcher Workspace verwendet werden soll, sondern wählt immer $HOME/workspace - selbst wenn in den Einstellungen explizit festgelegt wurde, dass er fragen soll.

Woran das genau liegt, kann ich nicht sagen, aber es hat wohl was mit der verwendeten Java-VM zu tun, der Standard ist java-gcj. Umgehen lässt sich dieses Problem, indem die Pakete sun-java6-jdk bzw. sun-java6-jre installiert werden und die Verwendung dieser mithilfe der Umgebungsvariablen JAVA_HOME erzwungen wird:

JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun eclipse

Oder dauerhaft, indem man diese in die Datei $HOME/.profile einträgt:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun

Nun erscheint bei jedem Start von Eclipse wie gewohnt der "Workspace auswählen"-Dialog.

Nachtrag 10.12.2008:

Der richtige Ort, um diese Änderung global festzulegen, ist /etc/environment:

PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games"
JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun

Zusätzlich gibt es unter https://help.ubuntu.com/community/Java eine kleine Anleitung, wie man die vom System verwendete Java-VM ändern kann.