Unter Ubuntu fragt Eclipse beim Starten nicht, welcher Workspace verwendet werden soll, sondern wählt immer $HOME/workspace - selbst wenn in den Einstellungen explizit festgelegt wurde, dass er fragen soll.
Woran das genau liegt, kann ich nicht sagen, aber es hat wohl was mit der verwendeten Java-VM zu tun, der Standard ist java-gcj. Umgehen lässt sich dieses Problem, indem die Pakete sun-java6-jdk bzw. sun-java6-jre installiert werden und die Verwendung dieser mithilfe der Umgebungsvariablen JAVA_HOME erzwungen wird: